Michel Havenith studeerde aanvankelijk Schoolmuziek in Maastricht en sloot hierna de studies Uitvoerend Musicus Koordirectie en Orkestdirectie af bij resp. Frans Moonen in Den Haag en Antoni Ros-Marbá in Rotterdam.
Tijdens en na zijn conservatoriumstudies volgde hij cursussen en masterclasses op dirigeergebied in binnen- en buitenland. Hij nam onder meer deel aan de eerste masterclass van het Nederlands Kamerkoor onder leiding van Uwe Gronostay, waar hij als dirigent van het Nederlands Kamerkoor optrad. In Duitsland was hij deelnemer bij een masterclass orkestdirectie onder leiding van John Eliot Gardiner.
Gedurende het grootste deel van zijn loopbaan heeft Michel Havenith het dirigeren van koren en orkesten gecombineerd. In 1976 startte hij als de eerste dirigent van het Universiteitskoor Maastricht en leidde hij sindsdien vele andere koren uiteenlopend van kamerkoren tot grote oratoriumkoren, door heel Nederland. Daarnaast was hij als dirigent verbonden aan amateursymfonieorkesten en instrumentale ensembles. Hij leidde als dirigent uiteenlopende muziekprojecten en in zijn woonplaats Zoetermeer organiseerde en dirigeerde hij projecten voor symfonieorkesten en blazersensembles.
Na zijn opleidingen volgden uitvoeringen met professionele ensembles, zoals het Limburgs Symphonie Orkest, het Noordhollands Philharmonisch Orkest en het Nederlands Strijkorkest. Bij de Stichting Kamer Opera Nederland dirigeerde hij operaproducties, bij Greg & Baud Productions musicals en met het Omroep-kamerkoor in Hilversum maakte hij radio-opnames. In het buitenland trad hij op als gastdirigent bij symfonieorkesten in Macedonië en Roemenië en was hij herhaald te gast in Spanje, als dirigent bij de symfonieorkesten van Asturias en Granada.
Michel Havenith was oprichter en artistiek leider/dirigent van Vocaal Ensemble Sfinx en het Nederlands Strijkorkest. In 2012 richtte hij het Ebony Ensemble op waarmee hij 19e en 20e eeuwse muziek uitvoert van Brahms tot Berio. Regelmatig verlenen solisten daarbij hun medewerking.
Vanwege zijn liefde voor het lesgeven in zijn vak geeft Michel via zijn praktijk Kleine steentjes muziektrainingen lessen en cursussen op het gebied van dirigeren. Daarnaast treedt hij regelmatig op als interim-dirigent bij koren en orkesten en leidt hij dirigeerworkshops tijdens leiderschaps- en communicatietrainingen in het bedrijfsleven.